Marcos Arakaki já esteve à frente de importantes orquestras no Brasil e no exterior, dentre elas as sinfônicas dos estados de São Paulo, Minas Gerais, Paraná, Rio Grande do Norte e Paraíba, a Petrobras Sinfônica, as sinfônicas de Campinas, Recife, da USP e da Unicamp, a Orquestra de Câmara da Osesp e a Experimental de Repertório.

Conduziu ainda as filarmônicas de Boshulav Martinu na República Tcheca, Kharkov na Ucrânia, de Buenos Aires, da Universidade Nacional do México e também a orquestra da Academia Americana de Regência, em Aspen.

Em 2001, Marcos Arakaki venceu o I Concurso Nacional Eleazar de Carvalho para Jovens Regentes promovido pela Orquestra Petrobras Sinfônica e, oito anos depois, o I Prêmio Camargo Guarnieri promovido pelo Festival Internacional de Campos do Jordão.

Entre 2000 e 2002, Marcos Arakaki foi o principal regente convidado da Camerata Fukuda e regente assistente da Orquestra Sinfônica de Santo André. Em 2005, foi o principal regente da Orquestra Sinfônica de Ribeirão Preto. Entre 2007 e 2010, trabalhou como regente titular da Orquestra Sinfônica da Paraíba e regente assistente da Orquestra Sinfônica Brasileira.

Como regente titular, o maestro promoveu a reestruturação da Orquestra Sinfônica Brasileira Jovem entre os anos de 2008 e 2010, recebendo grande reconhecimento da crítica especializada e do público na cidade do Rio de Janeiro.

Formado pela Unesp em 1998, concluiu mestrado em Regência Orquestral pela Universidade de Massachusetts em 2004, com apoio da Fundação Vitae. À frente da Orquestra Sinfônica Brasileira, gravou em 2010 a trilha sonora para o filme Nosso Lar, composta por Philip Glass.

Marcos Arakaki atua como regente assistente da Filarmônica de Minas Gerais desde o começo da Temporada 2011, quando conduziu a orquestra em concertos nas nas cidades de Betim, Brumadinho, Tirandentes, Ouro Preto, Mariana, São João del-Rei, Juiz de Fora, Governador Valadares, Ipatinga, Teófilo Otoni e Montes Claros, além das séries Vivace, Concertos Didáticos, Concertos para a Juventude e Clássicos no Parque.