Flávia Motta iniciou seus estudos musicais aos sete anos em sua cidade natal, Juiz de Fora. Aperfeiçoou-se com Jadenir Lacorte, Jairo Diniz, Alexandre Razera e Marco Lavigne. Bacharel em Viola pela Unirio, venceu o Concurso Jovens Solistas Paulo Bosísio 1999. Foi membro da Orquesta de Jóvenes Latinoamericanos e musicista convidada da Sinfônica Simón Bolívar. Integrou a a orquestra do Festival de Música Schleswig-Holstein por dois anos e com ela realizou turnês pela Europa e Estados Unidos. Flávia apresentou-se sob regência de Claudio Abbado, Gustavo Dudamel, Christoph Eschenbach, Eiji Oue, Iván Fischer, Mstislav Rostropovich, Christoph von Dohnányi e Semyon Bychkov. Participou de masterclasses com Ingrid Zur, Wilfried Strehle, Urlich Knozer, Clemens Weigel, Benhard Gmelin e Csaba Erdelyi. Antes de se juntar à Filarmônica, integrou as orquestras Sinfônica do Teatro Nacional Claudio Santoro, Sinfônica Brasileira, Petrobras Sinfônica, do Theatro Municipal do Rio de Janeiro e a Camerata Antiqua de Curitiba, as duas últimas como Primeira Viola.